TEMPORADA # 1
1993 - 1994

Capítulo 1.00 Piloto: "THE X-FILES" <"Los Expedientes Secretos X">
En Washington, la doctora Dana Scully, quien lleva 2 años en el FBI, se entrevista con sus superiores (de los cuales uno es el Hombre Cáncer, pero está siempre callado). El Jefe de Sección Scott Blevins la asigna a "Los Expedientes X" como compañera del agente Fox Mulder, para que les informe a ellos sobre el comportamiento de este agente. Luego ambos se conocen e intercambian las ideas opuestas de cada uno frente al otro. Al otro día ambos viajan a Oregón, para investigar una serie de asesinatos de unos jóvenes, y Mulder piensa que han sido abducidos para hacerles estudios y luego devueltos, pero sin vida. Scully como hará siempre a partir de ahora, intenta una explicación lógica a todo. Finalmente se descubrirá que el hijo del sheriff, dirigido por los extraterrestres es el responsable de las desgracias.
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Capítulo 1.01:
"DEEP THROAT" <"Tecnología Robada">
Mulder y Scully van a ir a investigar a Ellens, Idaho la desaparición de un piloto, pero antes se les aparece un desconocido (Garganta Profunda) quien trata de aconsejar a Mulder. La esposa del piloto decía que su marido se comportaba de manera muy extraña. Más tarde Mulder y Scully ven 2 luces en el cielo. Mulder cree que el gobierno tiene aviones con tecnología extraterrestre y que los pone a prueba, razón por la cual el piloto se habría comportado así. Luego sin explicación aparece el piloto, pero seguía diferente, y Mulder pensó que quizás le habían borrado su memoria. Luego Mulder en una zona secreta ve a unos ovnis. Ahí lo atrapan unos hombres del gobierno, pero Scully lo salva. Al final Mulder se vuelve a encontrar con Garganta Profunda, quien le dice que le va a ayudar a encontrar la verdad.
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Capítulo 1.02: "SQUEEZE" <"Muertes en Serie">
Un ejecutivo es asesinado por un criminal que viaja por unos conductos de ventilación. Mulder descubre una huella digital que coincide con asesinatos cometidos en 1903. El asesino, Eugene Victor Tooms, es capaz de meterse en cualquier espacio por chico que sea, e inverna por cada 30 años para cometer los homicidios nuevamente. Mulder descubre que es un mutante que se alimenta de hígados humanos cada 30 años. Luego Tooms ataca a Scully en su departamento, y Mulder llega justo a tiempo, y ahí lo detienen.
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Capítulo 1.03: "CONDUIT" <"El Conducto">
Una joven llamada Ruby desaparece mientras acampaba cerca del lago Okobogee. Esta joven es hija de una mujer que avistó un ovni en 1967. El hermano de la joven, sin explicación escribe una combinación de números, los cuales Mulder descubre luego que son un código defensivo de transmición por satélite. Además todos los papeles en el suelo, juntos, formaban la figura de Ruby. En el bosque, Mulder y Scully ven unas luces en el cielo y luego encuentran a la chica inconsciente. Más tarde Mulder va a llorar a la Iglesia por su hermana, Samantha.
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Capítulo 1.04: "THE JERSEY DEVIL" <"El Demonio de Jersey">
En 1947 un hombre es encontrado con la pierna devorada, y la policía luego mata a un ser grande que no se ve. En el presente se encuentra a un vagabundo con las mismas condiciones. Mulder cree que es este "Demonio de Jersey", pero Scully sólo cree que es una leyenda popular, y se va a la fiesta de su ahijado. Así Mulder investiga sólo, y algunos vagabundos le dicen que la policía sabe de este ser. Mulder ve al ser, y luego es detenido, lo que afirma de que la policía lo ocultaba en secreto. Luego se encuentra un cadáver de un ser de sexo masculino en el bosque. Mulder supone que es la pareja del otro demonio. Esta hembra luego se oculta en el bosque y la policía la mata, pero al final, un niño y su padre pasean por el bosque, y se ve a uno de estos seres, un niño.
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Capítulo 1.05: "SHADOWS" <"Sombras">
Lauren Kyte está muy afectada por la muerte de su jefe, Howard Graves, que fue como un padre para ella. Extrños fenómenos comenzaron a ocurrir en torno a la señorita Kyte: 2 tipos que la atacaban, son acabados por una fuerza misteriosa; el auto de Mulder y Scully se incendia después de interrogarla. Pareciera que una fuerza la protegiera. Pronto se descubre que esa fuerza era el propio Graves, quien fue asesinado por su socio.
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Capítulo 1.06: "GHOST IN THE MACHINE" <"Un Fantasma en la Máquina">  
En las industrias Eurisko, se hizo un proyecto de una computadora con inteligencia artificial, y todo empieza cuando el jefe de la empresa es electrocutado tras manifestar que piensa cortar este proyecto. Las sospechas caen sobre Brad Wilczek, el hombre que creó el sistema. Pero Garganta Profunda asegura que la máquina toma decisiones por su cuenta. La única manera de neutralizar el sistema es poniendole un virus, cosa que Mulder y Scully consiguen.
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Capítulo 1.07:
"ICE" <"Hielo">
Mulder y Scully se trasladan al Ártico para investigar una serie de muertes inexplicables entre una colonia de científicos que se han asesinado entre ellos; y uno de los científicos dijo: "No somos quienes somos". Mulder y Scully descubren que se trata de un gusano de origen no terrestre que se incrusta en el organismo de las personas y les cambia el caracter, poniéndolos violentos, hasta para matarse. Así Mulder y Scully deberán enfrentarse ante ese gusano, y consiguen escaparse de él pero no matarlo. Ya en un lugar seguro, Mulder propone volver y aniquilar al gusano, pero eso no será posible, ya que los militares ya han sepultado al gusano, pero esto no significa que haya muerto.
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Capítulo 1.08: "SPACE" <"Espacio">  
En la NASA están sucediendo cosas muy extrañas, y si alguien no hace algo, el próximo lanzamiento puede ser una catástrofe total. La explicación a esto se encuentra dentro del cuerpo del teniente coronel Belt, supervisor del programa espacial. En sus tiempos de astronautas, Belt se trajo consigo algo extraño, una figura que se le metió en el cuerpo, y aún no se la puede sacar. Se trata de un extraterrestre el que está en su cuerpo, y que trata de evitar de que los humanos se sigan metiendo donde no deben; en el espacio. Tras una pelea, Belt logra expulsarlo de su cuerpo, pero esto le cuesta la vida, pero así puede seguir la trayectoria espacial.
Chris Carter se inspiró en una foto de la cara de Marte para escribir este capítulo.
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Capítulo 1.09: "FALLEN ANGEL" <"Ángel Caído">
Un OVNI se estrella en el bosque de Wisconsin, cerca de una base militar. Garganta Profunda le avisa a Mulder y le pide que investigue, éste va al lugar de la caída y ve a un grupo de científicos ovsebando un gran artefacto destrozado, y al momento los militares descubren a Mulder y lo encarcelan. Ahí conoce a Max Fenig, un hombre que dice que fue abducido varias veces y que sabe de los secretos del gobierno. Luego llega Scully y libera a Mulder. Max Fenig desaparece nuevamente, al parecer fue abducido. Además el piloto del OVNI puede andar por el bosque, y los militares lo buscan, pero ellos niegan la existencia de este ser y la del OVNI.
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Capítulo 1.10: "EVE" <"Eva">  
Los padres de 2 niñas son asesinados en los 2 extremos de Estados Unidos, en Connecticut y en California. Gran parte de la sangre les fue extraída. Mulder y Scully investigan y descubren que las 2 niñas, son idénticas, y no tienen parentesco familiar. Pero las 2 familias tenían que ver con la doctora Kendrick, quien estaba metida en un extraño proyecto de genética. Garganta Profunda le cuenta a Mulder sobre el proyecto Lichtfield, en que en los años 50 se creaban clones de niños y niñas llamados Adán o Eva, y que la doctora Kendrick fue una Eva, que siguió experimentando. El problema del proyecto era que les daba más inteligencia, pero a la vez los ponía más violentos. Mulder y Scully detienen a las niñas tras descubrir que ellas mataron a sus padres.
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Capítulo 1.11:
"FIRE" <"Fuego">

Un asesino capaz de crear fuego a partir de nada es el centro del capítulo, en el que Mulder reencuentra a una antigua novia de sus tiempos en Oxford, Phoebe Green, de Inglaterra. Ella llega a Estados Unidos para proteger a un miembro del parlamento británico que se encontraba de visita ahí. Otros políticos ingleses ya habían sido asesinados ahí por un pirómano, y sir Malcolm Mardsen es quien está en peligro. Cecil L'ively, que es el asesino, entró a la mansión de sir Malcolm como jardinero, pero Mulder está ahí para impedir cualquier peligro, a pesar de su miedo al fuego. Al final L'ively se quema, pero poco a poco se recupera de sus quemaduras.
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Capítulo 1.12: "BEYOND THE SEA" <"Más Allá del Mar">
Scully tiene una cena en su casa con sus padres, y luego de que se fueron ella queda sola, pero de repente se le aparece una imagen de su padre, el Capitán William Scully, y justo ahí suena el teléfono, y su madre le dijo que su padre había muerto. Scully regresa al trabajo y Mulder le informa sobre la desaparición de una pareja de jóvenes, y que un prisionero, Luther Lee Boggs, dice saber quien es el culpable de todo. Mulder cree que Boggs es un farsante, pero Scully queda confundida cuando este hombre la llamó "Estrella Polar", nombre que le decía a ella su padre. Así este hombre le da una pista a Scully, y todo era como había dicho, incluso de que Mulder saldría herido. Así Scully sólo puede guiarse por sus instintos para saber si es verdad o no.
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Capítulo 1.13: "GENDERBENDER" <"La Mujer-Hombre">
Un asesino que puede cambiar de sexo cuando quiera, seduce a sus víctimas en los bares y acaba con ellas en pleno acto. Ciertas pistas conducen a Mulder y Scully a una secta misteriosa, de los Kindred, cuyo líder, Andrew, asegura que esto tiene origen en algo no humano. Los espíritus de los Kindred se adueñan de los cuerpos humanos para dedicarse a tener placer con el sexo. El asesino, que puede ser mujer u hombre, es detenido, pero el espíritu Kindred que tenía se le salió. Cuando la policía vuelve a la sede de los Kindred, ya no había nada ni nadie.
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Capítulo 1.14: "LAZARUS" <"Lázaro">
Durante una persecusión a un ladrón de bancos el Agente Jack Willis es herido a muerte por el ladrón, quien luego recibe un disparo de Scully. Willis fue novio de Scully hace un tiempo, así que ella hará todo lo posible por salvarlo. El ladrón muere. Luego los doctores resucitan a Willis, pero éste vuelve a la vida de una manera extraña, haciéndo cosas que nunca había hecho. Mulder desconfía de él, pero Scully trata de defenderlo. Al final nos damos cuenta de que el ladrón había tomado por posesión el cuerpo de Willis al morir.
En un principio se tuvo la idea de que el posesionado en este capítulo sea Mulder, pero se prefirió de esta manera.
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Capítulo 1.15: "YOUNG AT HEART" <"Joven de Corazón">
John Barnett es un criminal que parecía que había muerto en prisión, pero de repente volvió a la vida y le hace muchas amenazas a Mulder, quien fue el que lo metió a la cárcel. Parece que Barnett fue materia de experimento para el doctor Ridley, quien firmó el certificado de defunción de Barnett. Ridley investiga el proceso del envejecimiento, por eso Barnett se ve más joven. El secreto de esta juventud, son las células de salamandra. Mulder necesita acabar con Barnett como sea, ya que estuvo a punto de matar a Scully.
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Capítulo 1.16: "E.B.E." <"Entidad Biológica Extraterrestre">
Las iniciales E.B.E. significan Ente Biológico Extraterrestre. Garganta Profunda le cuenta a Mulder que poco después del accidente de Roswell en 1947, todas las naciones para guardar silencio sobre la existencia de cualquier E.B.E. en la Tierra. En este capítulo un E.B.E. es detectado en un camión. Al parecer este ser iba en un OVNI que fue atacado por un avión iraquí cerca de una base americana en la frontera turco - iraquí. Mulder hará lo posible por dar con este ser, y para esto va a ser ayudado por Los Pistoleros Solitarios.
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Capítulo 1.17: "MIRACLE MAN" <"El Hombre Milagroso">
Cuando Samuel era chico, salvó a un hombre que se había quemado con sólo poner las manos sobre él, y desde ese momento este hombre ha querido proteger a Samuel, como un guardaespalda. Han pasado 10 años, y Samuel ya cura a mucha gente, y Mulder y Scully investigan a Samuel, ya que a las personas que cura, mueren al poco tiempo. Luego nos damos cuenta de que el causante de esto es el "guardaespaldas" de Samuel, ya que aparte de estárle agradecido, también está enojado, ya que se convirtió en un monstruo lleno de quemaduras. Al final Mulder es recompensado por Samuel con una aparición de su abducida hermana, Samantha.
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Capítulo 1.18: "SHAPES" <"Transformación">
Mulder y Scully se van al campo, a Browning, Montana. Ahí una bestia extraña se está comiendo el ganado de un campesino. El hijo del campesino es atacado por un animal, el cual al morir el cadáver es el de un indio. Mulder investiga expedientes antiguos y encuentra uno abierto por el propio J. Edgar Hoover en 1946, y era de asesinatos de un animal extraño y feroz. Esos asesinatos se repitieron cada ciertos años. Según parece se trata de indios que se convierten en lobos para vengarse de los hombres blancos. El espíritu que convierte a estos indios en lobos, era el que había mordido al hijo del campesino, y Mulder tuvo que matarlo.
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Capítulo 1.19: "DARKNESS FALLS" <"Cuando Cae La Noche">
Mulder y Scully investigan las desapariciones de 30 leñadores en la zona de un bosque. Se sospecha de que pueda tener que ver algún grupo ecologista que esté en contra de la tala de árboles. Los ecologistas andan por ahí, pero pareciera de que el bosque sabe defenderse solo, ya que posee una extraña fuerza que sólo sale cuando se va la luz del día. Se trata de que arriba de los árboles se encuentra un capullo con un animal adentro, el cual pareciera que lleva a sus víctimas al capullo y ahí se las come, y la única manera de defenderse es con la luz.
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Capítulo 1.20: "TOOMS" <"Tooms el Escurridizo">
Aquí nos encontramos nuevamente con Eugene Victor Tooms (Squeeze {1.02}). En este capítulo, luego de que Tooms fue encarcelado por atacar a Scully, logra salir bajo libertad condicional, y nadie le creyó a Mulder sobre de que Tooms era un mutante y todas esas cosas. Mulder decide vigilar a Tooms, quien finalmente vuelve a cometer asesinatos, y Mulder y Scully lo matan en donde pensaba invernar durante los próximos 30 años, en un centro comercial bajo una escalera mecánica.
En este capítulo es la primera aparición del Director Adjunto del FBI Walter Skinner, quien aparece con el Hombre Cáncer, quien habla unas palabras con Skinner en su oficina.

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Capítulo 1.21: "BORN AGAIN" <"Volver a Nacer">
Una niña de 8 años llamada Michelle Bishop es acusada por la muerte de 2 policías, lo cual es imposible. Mulder y Scully al investigar descubren que Michelle tiene ciertas habilidades psíquicas, como clarividencia. Esto tiene que ver con un caso que ocurrió hace 9 años, en el que un policía, llamado Charlie Morris fue asesinado, y el caso quedó sin resolverse, y ahora pareciera que Morris reencarnó en Michelle, la cual se venga de estos policías que tienen que ver con la muerte de Charlie.
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Capítulo 1.22: "ROLAND"
Unos científicos encargados de un proyecto puesto en marcha por el fallecido doctor Grable, mueren asesinados por un retrasado mental llamado Roland. Roland, según descubre Mulder, es el hermano gemelo del doctor Grable, el cual lo utiliza para matar a sus doctores colegas, ya que, según él, le robaron la idea y la están usando sin su permiso. Grable está muerto, pero su cabeza se ha conservado en estado de congelación criogénica, lo cual le permite controlar a Roland.
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Capítulo 1.23: "THE ERLENMEYER FLASK" <"No Confíe en Nadie">
La policía persigue a un hombre, al cual cuando le disparan se tira al mar y derrama sangre verde. Garganta Profunda les pide a Mulder y a Scully que investiguen sobre este caso. En la investigación, Mulder descubre una bodega llena de cuerpos en los cuales el gobierno experimentaba con DNA extraterrestre. Por supuesto, unas horas después ya habían borrado toda la evidencia. Mulder sigue investigando, pero los del gobierno lo secuestran, un grupo negro dentro del gobierno, y piden como rescate un frasco de erlenmeyer que tiene el gobierno. Scully con la ayuda de Garganta Profunda logra conseguir el frasco, y dentro tenía un feto extraterrestre. Garganta Profunda es el que hará el cambio de Mulder por el frasco y Scully deberá esperar en el auto. Los secuestradores dejan libre a Mulder, pero le disparan a Garganta Profunda, y Scully llega a ayudarlo, pero no puede hacer nada. Las últimas palabras de Garganta Profunda que le dice a Scully son: "No confíe en nadie". Unas semanas después, Mulder llama a Scully para avisarle que Los Expedientes X han sido cerrados y que los pondrán a ambos en secciones diferentes.
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Temporada # 2


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