Desde 1931 o Akita Inu é considerado "patrimônio natural nacional" do Japão, assim com são as gueixas e o sumô.

A história dos Akitas conheceu muitos sobressaltos. Existem indícios que os primeiros Akitas surgiram há 300 anos.

No século XVIII, na região montanhosa de Odate, viveu um cão de caça, chamado Matagi Inu. Nos povoados de montanha, de difícil acesso, o cruzamento se deu apenas entre eles e a raça permaneceu pura. O Matagi Inu era um excelente cão de caça ao urso e ao javali e deu origem ao Akita Inu.

Mais adiante houveram alguns períodos de instabilidade na história do Japão, o que inclui a invasão de Odate por exploradores de ouro, o que levou seus habitantes a ensinarem seus cães a defender suas propriedades. Assim, os Akitas se tornaram ferozes guardiões.

Em 1700 um Shogun (poderoso general japonês) se interessou pela raça e criou uma lei que proibia matar ou ferir qualquer cão, sob pena de prisão e até pena de morte. Desde então o Akita Inu ficou associado a festas e celebrações e passou a ser adorado pelos nobres a ponto de alguns Akitas terem suas próprias habitações e criados.

Essa época terminou com a Era Meiji (1868-1912) e o desenvolvimento das brigas de cães, organizadas para estimular o ardor dos samurais. Além disso ocorreram cruzamentos entre Akitas e outras raças como Bulldogues e São Bernardo. O cruzamento destes diversos sangues levaram à degeneração da raça.

Em 1910 ficaram proibidas as brigas caninas.

Neste mesmo ano criou-se um imposto sobre os cães, o que levou ao sacrifício de muitos cães. Aliado a isto, a raiva havia se tornado uma praga.

Em 1930 as autoridades começaram a tomar providências para proteger esta espécie e desde então o Akita Inu é parte do patrimônio nacional do Japão. Além disso criaram-se associações de defesa para a raça e um nobre japonês dedicou-se à recuperação da raça, proibindo totalmente a exportação e, ao mesmo tempo, selecionando os melhores representantes da raça.

Durante a Segunda Guerra, porém, o Akita seria requisitado por sua carne e pele. Em 1946, os efetivos da raça reduziram-se a poucas espécias.

Novamente o mesmo nobre japonês salvaria o Akita Inu de desaparacer, escondendo na sua casa alguns bons exemplares, com os quais voltou a iniciar a criação.

Paralelamente, aconteceram cruzamentos de alguns exemplares de Akitas que haviam sido levados aos EUA com o Pastor Alemão, dando origem a uma outra raça, o Akita Americano.