1ª Fase:
Nesta fase, o Campeão Capixaba e o vice se enfrentaram em sistema "mata-mata" para decidir quem seria o representante capixaba na próxima fase da competição.
O Linhares, por ser o campeão capixaba de 98, teve a vantagem de jogar a segunda partida em casa e caso ocorressem dois resultados iguais, haveria prorrogação de 30 minutos e persistindo o empate, a vaga seria definida nos pênaltis.
Os resultados foram os seguintes:
| data | Jogo | Estádio |
| 24/01 | São Mateus 1 x 0 Linhares | Sernanby |
| 31/01 | Linhares 1 x 1 São Mateus | Guilherme Augusto de Carvalho |
Assim, o Linhares foi elimidado da competição e o São Mateus prosseguiu representando o futebol capixaba na fase seguinte.
Vitória, 24 de janeiro de 1999.
O Linhares foi derrotado por 1 a 0 na estréia da Copa Centro-Oeste, pelo São Mateus, jogando fora de casa. O gol foi marcado por Sérgio Andrade (ex-Linhares) de cabeça, aos 34 minutos do segundo tempo. O Linhares teve 2 jogadores expulsos, o zagueiro Pinheiro e o lateral esquerdo Rogério Tatú. E ainda Mozart, Beto e Jair Mão receberam cartão amarelo.
Agora o Linhares precisa vencer o jogo de volta, domingo no Guilherme Augusto de Carvalho, por uma diferença de 2 gols para ser o representante capixaba na segunda fase da Copa Centro-Oeste. Caso o Linhares vença por apenas 1 gol de diferença teremos prorrogação e depois cobranças de pênalti.
Vitória, 01 de fevereiro de 1999.
O Linhares foi eliminado da Copa Centro-Oeste ao empatar em 1 a 1 com o São Mateus.
O Linhares, que precisava vencer por 2 gols de diferença, saiu na frente com um gol do estreante Leozinho (ex-Botafogo do Rio), aos 2 minutos do segundo tempo. Sendo que o lateral-direito Mozart já havia perdido um pênalti no fim do primeiro tempo, que o goleiro Roberto Carlos (ex-Linhares) do São Mateus defendeu.
No final do jogo, houve um lance duvidoso onde os jogadores do Linhares reclamaram um outro pênalti, que o arbitro da partida não marcou. Logo em seguida, aos 43 minutos, Edson Garcia (ex-Linhares) marcou o gol de empate e da classificação do São Mateus.Detalhe: o melhor jogador em campo foi o goleiro do São Mateus, Roberto Carlos. Com grandes defesas ele garantiu o empate e a classificação de sua equipe.
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