Los orígenes del Valle se pierden en la oscuridad de los tiempos, aun cuando es bien cierto que estuvo poblado desde muy antiguo, según lo atestigua el dolmen de Oiza y las cuevas paleolíticas de Berroberría y Alkurdi. Por el extremo sur pasaba la vía Burdeos-Astorga, aprovechada después por los peregrinos jacobeos. Quizás el puente de Ohárriz sea la mejor muestra de la presencia romana. En el prólogo del Fuero de Navarra se le menciona como lugar no hollado por la invasión musulmana. Hacia el año 1025, Sancho el Mayor instituyó el señorío de Baztán en favor de Semén Ochoániz, señor de Jaureguizar, Maya e Irurita.

Alfonso I se tituló, en un documento expedido en Sangüesa en 1132, rey de Baztán. El 22 de mayo de 1397, Carlos III declaró en respuesta a una demanda de los vecinos de Elizondo que "sean e finquen guardados e mantenidos en lur condiciones de fidalguía e infançonía, en que dezían haber estado a perpetuo". En el pleito mantenido en 1440 con el patrimonio real sobre el pago de las pechas por el pasto de los ganados en los montes reales, volvió a reafirmarse este derecho de hidalguía.

Desde mediados del siglo XVII hasta casi los albores del XIX le tocó vivir a Navarra uno de sus momentos de mayor apogeo. Un importante número de sus hijos, entre los que tuvieron un especial destaque los baztaneses, pasó a ocupar posiciones de relieve, tanto en España como en Indias. Fue así que el Valle o Universidad del Baztán comenzó a proveer al Reino de ministros, militares, dignidades eclesiásticas, asentistas y comerciantes, en un grado tal que indujo al Marqués del Saltillo a afirmar que Madrid estaba dominada por navarros, sobre todo oriundos de dicho valle. Basta citar entre ellos a Juan de Goyeneche, fundador del actual Boletín Oficial Español, Juan Bautista de Iturralde, Miguel de Múzquiz y Nicolás de Garro, ministros de Hacienda de Felipe V, Carlos III y Carlos IV respectivamente, Juan Lorenzo de Irigoyen, Obispo de Pamplona, Juan José de Vértiz, virrey del Río de la Plata, o Pedro de Iturriría y Pedro de Astrearena, importantes asentistas, para comprender la magnitud de este fenómeno.